Il rencontre l'hostilité des gardiens, habitués à vivre tranquillement, et doit, en outre, demander son autorisation au révolutionnaire Couthon qui lui dit : "Malheur à toi si tu nous trompes et si tu recèles les ennemis du peuple parmi les insensés !" Il le laisse faire cependant. On libère des chaînes d'abord, douze "furieux", puis cinquante. Le premier libéré, un capitaine anglais, regarde le ciel et s'exclame : "Que c'est beau !"

Le 24 floréal an III (13 mai 1795), Pinel est nommé à la Salpêtrière. Il pratique le classement des malades, séparant les agités et les calmes. Dans son "Traité médico-psychologique de l'aliénation mentale", il introduit le traitement moral. Le Pinel libérateur devient tout au long du XIXe siècle un véritable mythe,ce qui occulte le reniement de ses conceptions thérapeutiques dans les asiles. Grâce à lui, l'insensé devient "sujet". Cela est rendu possible par la proclamation de la République et de ses valeurs, au premier rang desquelles on relève la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen.

Pour Hegel, "il appartient surtout à Pinel d'avoir découvert ce reste de raison dans les aliénés, de l'y avoir découvert comme contenant le principe de leur guérison et d'avoir dirigé leur traitement d'après ce principe". Certains ont pu dire qu'en arrachant les fous aux maisons de force, Pinel a permis de remplacer leurs chaînes par une contention plus subtile et définitive.

- Les Institutions de médecine pratique, traduction de l'Ecossais Cullen, 1785

- Nosographie philosophique ou La méthode de l'analyse adaptée à la médecine, 1798

- Traité médico-philosophique de l'aliénation mentale, 1809